По общему правилу при расчете базы по НДФЛ и определении ставки налоговый агент не учитывает доходы, которые физлицо получило от других. По мнению Минфина, подобный подход применяют и при реорганизации в форме присоединения. Доходы работников присоединяемой организации не имеют значения для правопреемника.
Готовое решение: Как налоговый агент исчисляет НДФЛ (КонсультантПлюс, 2022) {КонсультантПлюс}