Налоговики напомнили, что электронные счета-фактуры можно передавать зашифрованными. Одно из исключений — в документе есть регистрационные номера партии товара, который подлежит прослеживаемости. Однако шифровать могут канал передачи данных. ФНС обратила внимание на различие процессов.
Таким образом, запрет на шифрование счетов-фактур с реквизитами прослеживаемости не зависит от того, защищен канал передачи данных или нет.

Вопрос: О выставлении в зашифрованном виде счетов-фактур, содержащих реквизиты прослеживаемости товара. (Письмо ФНС России от 12.07.2021 N СД-4-26/9778@) {КонсультантПлюс}