В письме приведены два варианта учета. Выбор зависит от того, когда решено выделить целевую субсидию: до принятия и оплаты учреждением обязательств или после этого.

<Письмо> Минфина России от 29.01.2021 N 02-06-07/5651 «Об отражении и бухгалтерском учете операций по возмещению за счет субсидии на иные цели, целевых расходов, произведенных за счет иного финансового источника» {КонсультантПлюс}