Если организация продолжает работать, то при расчете налога на прибыль расходы учитывают как обычно. Неважно, работают сотрудники удаленно или нет. Если же организация объявила простой, то затраты учитывают во внереализационных расходах. Выплаты работникам, которые не трудятся, признают только, если такие платежи есть в законе. Например, это зарплата за «президентские» выходные. Минфин уже разъяснял, что такую зарплату можно учесть.
Вопрос: О налоге на прибыль при реализации услуг и об учете расходов по налогу в период распространения коронавируса; об НДС при оказании услуг по предоставлению в пользование нестационарных торговых объектов. (Письмо Минфина России от 24.09.2020 N 03-03-06/1/83636) {КонсультантПлюс}
Готовое решение: Как организации учесть расходы, возникающие в связи с пандемией коронавирусной инфекции COVID-19 (вирус SARS-CoV-2) (КонсультантПлюс, 2020) {КонсультантПлюс}