Доходы казенного учреждения, полученные с 1 января 2019 года и перечисляемые в бюджет, не учитываются при формировании базы по налогу на прибыль. Это касается и доходов от реализации имущества. НДС нужно начислить и уплатить в общем порядке.

Вопрос: Об учете казенными учреждениями доходов в целях налога на прибыль и об НДС при реализации имущества, находящегося в их оперативном управлении. (Письмо Минфина России от 06.07.2020 N 03-03-06/3/58012)