Отменить или изменить решение (предписание) ФАС России и его территориальных управлений может только суд.
Для этого направьте заявление в арбитражный суд по месту нахождения органа, принявшего незаконный, по вашему мнению, акт. При необходимости включите в него ходатайство о приостановлении предписания. Соблюдать досудебный порядок не нужно.