Если машина уничтожена, но еще не снята с учета в ГИБДД, организации стоит подать в налоговую инспекцию заявление о гибели или уничтожении транспортного средства. Форму такого заявления направляет ФНС.

<Письмо> ФНС России от 18.03.2020 N БС-4-21/4722@ «О типовой (рекомендуемой) форме заявления о гибели или уничтожении объекта налогообложения по транспортному налогу» {КонсультантПлюс}