Если автономное учреждение предъявляет санкции (неустойку, пени, возмещение ущерба) исполнителю договора (контракта), заключенного на нужды учреждения в рамках осуществления им как получателем субсидии деятельности, то полученные средства оно признает доходами от приносящей доход деятельности.

«КонсультантПлюс: Новости для бухгалтера бюджетной организации»

Вопрос: О признании собственными доходами автономного учреждения — получателя субсидии средств неустойки, полученной по договору (контракту) о выполнении работ, и отражении их на лицевых счетах. (Письмо Минфина России от 06.12.2019 N 02-07-10/95319) {КонсультантПлюс}